普通PCR的扩增参数一般涉及到温控、恒温时间、循环次数。
温度我们可分为变性温度、退火温度，延伸温度；而PCR反应变性的温度一般是在92~98℃之间进行，合理的退火温度从55℃~70℃。退火温度一般设定比引物的Tm低5℃，延伸温度PCR反应的延伸温度一般选择在70～75℃之间，常用温度为72℃，过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。
变性温度与时间
变性温度不够，靶核酸解链的不完全是PCR失败的主要原因。通常93~94摄氏度1分钟就足够可以使模板DNA变性；温度不能过高且时间不能过长，这样会损害Taq DNA聚合酶的活性。
退火温度与时间
PCR实验，变性温度快速的降至退火温度，那么变性的DNA又可复性，重新形成双链。而模板DNA比引物长且复杂，所以模板DNA与引物之间的结合比模板DNA与模板DNA结合会更容易。退火的温度与时间，取决于引物的长度、碱基的组成、浓度和靶核酸的长度等。为了减少引物与模板之间的非特异性复性，可以适当的选择较高的复性温度。复性时间一般在30~60s，可以使引物与模板之间可以充分的复性。
延伸温度与时间
延伸温度一般选在70~75℃之间，温度过高、过低都不易使引物与模板之间的结合；延伸时间一般根据待扩增片段的长短来定的。
循环次数
PCR的循环次数是由模板模板DNA的浓度所决定的。一般在30~40次，次数越多，非特异性产物也就越多。
