QPCR阈值线怎么调整？
自动设置：大多数Real-time qPCR仪器会自动设置荧光阈值。通常，这个阈值是基线的标准偏差的10倍。
手动设置：用户可以手动调整阈值线，通常将其放置在扩增曲线的对数期，即荧光信号明显增强的阶段。手动设置需要一定的经验和技巧，通常在指数扩增期的中期或后期。
阈值设定的原则和目的：阈值的设定应高于基线，但足够低，以便控制在扩增曲线的对数期。这样设置的目的是确保扩增效率接近2倍，同时避免扩增进入平台期或线性期，从而保证数据的准确性。
阈值设定对实验结果的影响：阈值的设定直接影响Ct值。如果阈值设置得太高，可能会导致数据不准确，进入平台期或线性期后，扩增效率和其它误差带来的数据偏差会增加。因此，合理的阈值设定对于保证实验结果的准确性和可重复性至关重要。
阈值：我们在操作软件时上下拉动的横线，是决定Ct值的因素之一。阈值是荧光信号相对于基线有显著增强的点，大多数仪器会根据基线平均信号，自动计算荧光信号的阈值水平，并设置一个比平均值高10倍的阈值。也就是说，当基线被正确的设置了，阈值也能手动调整成正确值。典型的扩增曲线可以分成四个时期：基线期，指数期，线性期，平台期。
阈值线的概念：阈值线(threshold)，相交于扩增曲线的一条水平线，用于确定荧光信号的阈值（Cycle Threshold，Ct）。此线可决定样本的Ct值，所以十分重要！！！荧光阈值线的设定一般在 PCR 扩增的指数期，为PCR反应前3-15个循环的荧光信号标准差的10倍。
阈值线的调整原则：
一、阈值线应位于扩增曲线的指数增长期中或后部，因为这一区域是样本重复性最好的部分，能够准确反映PCR扩增的起始点；
二、阈值线要高于阴性对照和基线噪音；
三、最佳的阈值线位置应该是在扩增曲线接近线性和线与线之间相互平行的位置；
四、多重qPCR实验中，每个靶标或通道都要单独设置合适的阈值线（不同靶标扩增的信号大小和指数期的位置会有差异）；
五、阈值线设置过高，Ct值偏大，超过扩增曲线的线性期或平台期，那么得到的数据将不准确；
六、阈值线设置过低，Ct值偏小，且有可能受到噪音信号的干扰。
